Hele vassdraget dekker et areal på ca 782 km2. De største innsjøene i vassdraget er Boksjøene, Kornsjøene og Bullaresjøene. Utløpet går til munningen av Iddefjorden på norsk side av grensen. I Norge har Halden kommune de største arealene, men deler av vassdraget ligger også i Aremark kommune. På svensk side ligger vassdraget innenfor kommunene Dals-Ed, Munkedal, Tanum og Strømstad.
 
Enningdalsvassdraget har sine kilder i skogsområdene ved  de norsk-svenske Nordre- og Søndre Boksjøen ca 260 m.o.h. Det meste av området ligger over marin grense og det er lite jordbruksarealer. Herfra renner elva 30 km sørover, gjennom Kornsjøene på svensk side og videre sørover. Gjennom flere fosser og stryk faller elva ca. 90 m til Søndre Bullaren, hvor den dreier nordover og kommer inn i Norge igjen. Det er veldig uvanlig at vassdrag renner i denne retningen på Østlandet. 
 
Ved Bullaresjøene er jordsmonnet annerledes enn i de mer høyereliggende strøkene. Her er det store områder med marine avleiringer og jordbruksarealer som påvirker vannkvaliteten. Fra Bullaresjøen renner Enningdalselva inn i Norge og etter 13 kilometer når den Iddefjorden ved Berby i Halden.

Elva munner ut innerst i Iddefjorden. Munningsområdet er intakt og er sammen med de nedre deler av elva et viktig raste- og overvintringssted for fugl. Flere sjeldne fuglearter holder til langs vassdraget. Ved Boksjøene i øvre deler hekker fiskeørn. Både oter og bever forekommer. Flere ferskvannsorganismer har sitt nordligste funnsted her, og flere er sjeldne, blant andre elveperlemusling. Elva og osområdet er fiskerikt. De nederste delene av vassdraget er lakseførende, og det er også mye sjøørret i elva.
 
Deler av området er påvirket av langtransportert forurensning og er forsuret. Det pågår en del kalking i vassdraget.
 
Området har mange kulturminner, og det vakre kulturlandskapet er spesielt. Berby herregård har særpreget bebyggelse og ligger som en oase i elvedalen omgitt av karrige furuskogsknauser.
 
Hele vassdraget renner gjennom relativt tynt befolkede områder. Det bor anslagsvis 3500-4000 personer i nedbørsfeltet, hvilket tilsvarer ca 5 pers/km2.

Vassdraget er vernet mot kraftutbygging i Verneplan IV.